1、体形不同：
麻蝇中型至大型种，身体较大，最长可达13mm，为喜室外性居住区蝇种，呈灰色，身体颜色深浅不一，形似麻点，背上有三条黑纹，腹部有黑白相间的方格花纹。
苍蝇体型中等，体长约7mm，灰褐色，是我国城镇居住区最重要的蝇种，也是进入室内最主要的蝇种。
2、声音大小不同：
麻蝇发出声音很大，就像少量的蜂群一起发出的声音一样
苍蝇的声音只是一般的“嗡嗡”声，比起麻蝇，苍蝇的声音就要小的多
3、繁殖方式不同：
麻蝇以胎生的方式繁殖，大部分种类的麻蝇都在腐肉、粪便或者腐败的物质上产下蛆，少数种类会在哺乳动物的伤口上产蛆，还有一些种类会将蛆产在其他昆虫身上，成为这些昆虫的寄生虫。
苍蝇繁殖方式为卵生。苍蝇繁殖是需要交配受精的，苍蝇交配时间可达一两个小时，雄蝇一次交配射精后，雌蝇可以终生受孕。