副主任科员是不可以晋升正科长的。
在晋升科长，一般来说是由副科长来晋升的。副主任科员虽然也是副科级，与副科长是一个级别，但是非领导职务，不能晋升科长，需要晋升为副科长之后才能再晋升为科长。
领导职务与非领导职务是两个概念，不能混乱。
副主任科员可否晋升正科长
根据《国家公务员职务升降暂行规定》，“晋升科、处、司（厅）、部级副职和科员、副主任科员、主任科员职务，应分别任下一级职务三年以上”。
通常情况下，任科员满3年后才有晋升副主任科员的资格，但能否晋升还要视所在单位是否有空缺职数等具体情况而定。