1、性质不同
兽医站是事业单位，宠物医院是个人的，后者服务要好一些、做的是口碑。兽医站不是以营利为目的，所以诊疗比较实在。
2、店面设备水平和装修程度不同
宠物医院为了吸引顾客会比较舍得投资，店面装潢会比较温馨，设备也会比较先进，更加符合消费者心理需求。兽医站往往装修会比较简陋一点，设备也没有那么先进。
3、针对性不同
宠物医院主要是针对宠物的治疗和美容等业务。兽医站往往是针对所以畜牧的，除了宠物之外，其他的畜牧包括牛羊生病了都可以到兽医站诊疗。
兽医站是正规的动物医疗单位，事业单位。只有有专业兽医资格证才能批准。是国家批准的，个人不能开。兽医站的设立主要是为了解决家禽家畜养殖户在饲养过程中遇到的疑难杂症。而宠物医院是针对常见宠物得疾病的医院。提供的服务有宠物疾病治疗，手术（绝育手术，接骨手术，结石清除，肿瘤切除，断尾剪耳等等），疾病化验，日常的疫苗免疫，驱虫，饲养指导等，一般是私人经营。